O refúgio é a principal ferramenta para retardar a resistência em populações de insetos na agricultura. A prática consiste em cultivar uma área com plantas não Bt em lavouras Bt. Isso é fundamental para produzir animais suscetíveis à toxina inseticida que acasalem com os eventuais indivíduos resistentes e, assim, gerem uma prole suscetível ao Bt.

São um conjunto de técnicas de manejo que ajudam o agricultor a fazer uso sustentável da biotecnologia no campo. As boas práticas incluem: dessecação antecipada, uso de sementes certificadas, tratamento de sementes, adoção de áreas de refúgio, controle de plantas daninhas e voluntárias, e monitoramento de pragas.