Ao contrário do que pensam alguns representantes de grupos ambientais, os cultivos GMs têm provado eficácia quando utilizados por pequenos agricultores. Contra o uso, o grupo ambientalista Biowatch, por exemplo, argumenta que o custo não é vantajoso para plantações em menor escala, mas estudos comprovam que a afirmativa não é verdadeira.

Um levantamento sobre algodão, feito na Universidade de Pretória, na África do Sul, mostra que o número de pequenos agricultores utilizando o produto GM cresceu de 7% (1997 para 1998) para 90% (2001/2002). Segundo os autores do estudo, numa entrevista com 43 pequenos agricultores, 39 indicaram que o benefício mais importante dos produtos GMs é a economia na aplicação de pesticidas.
Koot Louw, da associação Cotton South Africa (que reúne as maiores indústrias do setor), disse que a semente GM tem sido adotada em larga escala pelos pequenos agricultores, com vantagens no custo. Segundo ele, cerca de 2 mil agricultores e mais de mil produtores que comercializam o algodão optaram por plantar sementes GMs.

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